Seluruh mahasiswa Universitas Janabadra yang memenuhi ketentuan persyaratan mempunyai peluang untuk mendapatkan beasiswa dari:
- Beasiswa Peningkatan Prestasi Akademik dari Kemristekdikti
- Beasiswa Bantuan Belajar Mahasiswa dari Kemristekdikti
- Beasiswa dari Disdikpora Provinsi DIY
- Beasiswa Bidikmisi