Program Studi (PS) Magister Teknik Sipil Fakultas Teknik Universitas Janabadra (MTS FT UJB) Yogyakarta didirikan pada tahun 2011, dan  mendapatkan ijin penyelenggaraan oleh DIKTI nomor 214/E/O/2011 tanggal 30 September 2011. PS ini didirikan atas beberapa pemikiran antara lain: (1). PS strata S1 Teknik Sipil Fakultas Teknik Universitas Janabadra telah terakrditasi B, sehingga telah memenuhi syata untuk mendirikan PS S2 Teknik Sipil, (2). Kebutuhan lulusan S1 Teknik Sipil (khusunyanya alumni Universitas Janabadra) untuk melanjutkan ke jenjang yang lebih tinggi (S2) dirasakan mulai diperlukan, (3). Adanya peluang pasar di PS studi ini karena meningkatnya kebutuhan tenaga-tenaga ahli strata 2, dan (4). Perlunya wadah untuk eksistensi tenaga-tenaga pengajar yang telah memenuhi kualifikasi untuk mengajar di jenjang S2. Pendiriaan PS ini diharapkan dapat memberikan kontribusi positif baik ke dalam lingkungan Universitas Janabadra sendiri maupun ke masyarakat luas.
​Dosen Tetap yang bidang keahliannya sesuai dengan bidang Program Studi, rasio dosen tetap berpendidikan S3 sangat baik yaitu 85,71%. Upaya yang dilakukan adalah merencana dan mendorong dosen untuk studi lanjut. Sedangkan untuk dosen  yang masih studi lanjut (S3) adalah 14,29%, sehingga diharapkan jika sudah selesai dapat meningkatkan kemampuan jajaran dosen. Jika dilihat dari jabatan akademiknya, 57,14% berjabatan lektor, 28,57% lektor kepala, dan sisanya asisten ahli. Belum ada dosen yang berjabatan akademik professor. 85,71% dosen telah memiliki sertifikat dosen.